История начинается с таинственного исчезновения частного детектива экстра-класса Гарри Гудмана: расследовать это дело предстоит его 21-летнему сыну Тиму. Помощь в расследовании вызвался оказать бывший партнёр Гарри детектив Пикачу — уморительный, остроумный и обаятельный сыщик, который является загадкой даже для себя самого.

Обнаружив, что они каким-то странным образом способны общаться друг с другом, Тим и Пикачу объединяют усилия. В погоне за уликами по неоновым улицам мегаполиса Райм-Сити — гиперреалистичного города, где люди и покемоны живут бок о бок — герои встречают самых разнообразных злодеев и раскрывают ужасный заговор, который способен разрушить мирное сосуществование и людей, и фантастических существ.